《上海中医药大学学报》是由上海市教育委员会主管，上海中医药大学和上海市中医药研究院主办的学术性科技期刊，国内统一连续出版物号：CN 31-1788/R，国际标准连续出版物号：ISSN 1008-861X。
本刊创办于1960年3月，原名《上海中医学院学报》，其后曾停刊；1987年复刊改名为《上海中医学院、上海市中医药研究院学报》；1999年经国家科技发展部批准为《上海中医药大学学报》，获正式刊号，公开向国内外发行。
近年来，本刊紧密跟踪中医药学科发展动态，注重创新和特色报道，致力于抓质量、树品牌，基金论文比、总被引频次、影响因子、Web即年下载率等各项学术评价指标均有很大提高，居国内同类期刊前列，被入选中国科技论文统计源期刊，荣获“中国科技核心期刊”、 “中国核心学术期刊（Research Center for Chinese Science Evaluation，RCCSE）”，并被国际著名数据库——美国《化学文摘》（CA）收录。目前设有名家薪传、百家评述、灵兰探幽、临床百科、学苑春秋、实验中医、中药制剂、专题综述等栏目。侧重从中医药学科发展前沿和多学科综合研究的角度精心组稿、精编刊物，主要报道中医药在科研、临床等方面的研究成果，探讨中医药研究发展的思路和方法，介绍相关领域的国内外研究进展。
《上海中医药大学学报》现为双月刊，大16开，铜版纸印刷，单月25日出版，国内邮发代号：4-619，国外发行代号：4884BM。